少年玉太郎怀揣着对澳大利亚的向往，登上了“蒙帕帕号”货船。航行途中，货船突然爆炸沉没，玉太郎与爱犬波奇以及记者拉图尔幸运逃生，却在海上漂流。历经波折后，他们登上一座神秘岛屿，却发现这里可能是恐龙岛。岛上，他们遭遇了各种奇异事件，先是发现一些无法解释的现象，后又遇到从“海虎号”逃生的探险队员。众人在岛上展开探险，意外发现恐龙的洞穴，还找到了失踪的拉图尔。但在救援过程中，伯爵意外坠海，紧接着莫雷罗等人的贪婪引发了与恐龙的冲突。玉太郎他们能否逃脱恐龙的威胁？这座神秘岛屿还隐藏着哪些秘密？