东京发生离奇案件，载有地底机关车的达摩船沉没，机关车神秘失踪，与此同时，怪盗“岩”越狱归来的消息让警视厅高度戒备。在“高丽丸”号轮船入港时，“岩”化装成轮机长逃脱。之后，“女皇号”轮船载着百万美元金币沉没，金币也下落不明。少年侦探三浦三吉和奇葩侦探大?又右卫门参与调查，他们发现诸多线索，如从月岛运来的奇怪青土、“岩”的鞋印等。三吉怀疑“岩”用地底机关车在地下搞阴谋，借博士的地震仪调查。而“岩”似乎在策划更大的犯罪，他究竟有何目的？三吉和大?能否阻止他？