豪华巨轮玛丽号在大西洋航行时神秘失踪，引发全球关注。英国警视厅的史密斯警部负责调查此案，在搜查过程中，卢松号救起了玛丽号船员三千夫。同时，他们发现了形状怪异的“铁水母”，并收到其带有警告意味的通信。之后，通过在鱼腹中找到的求救信息得知玛丽号船员还活着。而长良川博士提出大西洋海底存在智慧超人类的观点，与史密斯警部的海盗船假说产生分歧。玛丽号船员在船上经历着各种危机，他们与神秘生物对抗，努力寻找脱困方法。“铁水母”究竟有何目的？玛丽号船员能否获救？